มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี มีตรามหาวิทยาลัยเป็นรูปเจดีย์แบบล้านช้าง ซึ่งหมายถึงภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ภายในมีดอกบัวหลวงประดิษฐานอยู่บนแท่นรองรับของเส้น 3 เส้น ด้านล่างของฐานมี คำว่า "มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี" ดอกบัวมีสีกลีบบัว หมายถึงสัญลักษณ์ของจังหวัดอุบลราชธานี เส้นที่เป็นฐานรองรับดอกบัว 3 เส้น หมายถึงแม่น้ำสายสาคัญ 3 สายของภาคตะวันออกเฉียงเหนือ คือ แม่น้ำโขง แม่น้ำชีและแม่น้ำมูล ลักษณะของดอกบัวเป็นประเภทบัวเหนือน้ำ ที่พร้อมจะเบ่งบาน ให้ความดีงามแก่มหาชนได้ชื่นชม กลีบด้านล่างสองกลีบ หมายถึง คุณธรรมและปัญญาอันเปลือกหุ้มสถาบัน สาหรับดอกบัวตูมสามกลีบ หมายถึง องค์พระรัตนตรัย สีน้ำเงินเป็นขอบเส้นของตรามหาวิทยาลัยนั้น หมายถึง ความมั่นคง แข็งแรง และเส้นสีเหลืองสดที่เป็นพื้น หมายถึง สีประจำมหาวิทยาลัย ผู้ออกแบบตรามหาวิทยาลัย คือ นายสันติ บุสทิพย์
“ต้นกันเกรา หรือ มันปลา” ชื่อสามัญ Anon, Tembusu ชื่อวิทยาศาสตร์ Fagraea fragrans Roxb. วงศ์ Fagraea เป็นต้นไม้ประจำมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี เป็นไม้ยืนต้น มีดอกสีเหลือง มีกลิ่นหอมขจรขจาย แม้ต้นกันเกราจะขึ้นอยู่ในดิน อันขาดความอุดมสมบูรณ์ก็สามารถยืนต้น เจริญเติบโตอย่างงดงาม เนื้อไม้กันเกราแข็งแรงและทนทานมาก ปลวกไม่สามารถ ทำลายได้ ทั้งยังมีน้ำมันในเนื้อไม้ ซึ่งช่วยรักษาเนื้อไม่ได้ดีและขัดเงาได้สวยงาม เปรียบได้กับมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี แม้เป็นมหาวิทยาลัยขนาดเล็ก แต่ละปีได้รับการจัดสรรงบประมาณของประเทศไม่มากนัก แต่ก็ใช้อย่างมีประสิทธิภาพ เพื่ออำนวยคุณประโยชน์ให้แก่ประเทศได้อย่างเต็มที่ นอกจากการออกดอกพรั่งพรูพร้อมกันทั้งต้นเปรียบได้กับความสามัคคี ความพรั่งพร้อม ความร่วมมือร่วมใจของบุคลากรและนักศึกษาที่จะร่วมสร้างมหาวิทยาลัยให้เจริญก้าวหน้า
